Na continuação, a ararinha-azul Blu é um respeitável pai de família. Casado com Jade, eles têm três filhotes. No Rio de Janeiro, as araras vivem na casa de Linda, a salvadora de Blu, que também se casou com o cientista Túlio.
O casal está agora na Amazônia fazendo uma nova pesquisa. Por acaso eles encontram a pena de uma ararinha azul, o que pode significar que Blu e sua família não sejam os últimos da espécie. Após vê-los em uma reportagem na TV, Jade resolve tirar Blu de casa e partir, com toda a família, para a floresta.
A jornada passa por diversas regiões do país até o desembarque no local de origem de Jade, que descobre não existirem apenas ararinhas como ela, como também o pai, que julgava perdido. Blu tem que se adaptar à vida na floresta, a um sogro nada amigável, a um rival e, acima de tudo, à ameaça do homem, que depreda a natureza em busca do dinheiro fácil. Ele ainda vai se reencontrar com um antigo inimigo, a cacatua Nigel.
A saga da ararinha Blu e sua família é entremeada por passagens, cultura e elementos da vida brasileira, seja do Norte ou do Sul.
O futebol, maior paixão nacional, está obviamente presente, numa partida entre ararinhas-azuis e araras-vermelhas. A Festa de Parintins, que ocorre no interior do Amazonas, também é identificada no filme.