As fortes chuvas elevam o nível das águas do rio Tamanduateí, na Avenida dos Estados, o que provoca o alagamento do túnel de acesso aos terminais Leste e Oeste, e mesmo com a entrada de operação das bombas que retiram a água o prejuízo era inevitável, afetando diretamente mais de 225 mil usuários.

Para corrigir esse problema foram instaladas 14 comportas móveis com cerca de 1,2 metro de altura nos principais acessos ao terminal, como escadarias e rampas. As barreiras possuem dobradiças que podem ser encaixadas nos locais mais vulneráveis e recolhidas após o término da chuva. Para evitar curtos-circuitos e desligamento das bombas, por causa da água, foram criadas plataformas que permitem a elevação dos quadros elétricos.